磷酸肌酸二钠盐属于肌酸类衍生物，是重要的精细化工与医药中间体，依托自身稳定的理化特性，多用于医药、生物制剂等相关合成领域。
医药原料药合成是核心应用方向。磷酸肌酸二钠盐可作为前驱原料，用于制备磷酸肌酸、磷酸肌酸钠等心血管类药物。在合成工序中，经过精制、成盐转化，得到药用级磷酸肌酸钠，该物质临床常用于心肌保护相关制剂生产。
生物化学试剂合成领域也有应用。可用于生化研究相关试剂配制，供实验室能量代谢、肌肉生理方向的科研实验，制备生化检测底物。
部分特种保健品原料合成场景会用到该产品。作为肌酸磷酰化衍生物，用于高*营养补充品的合成加工，用于能量补给类原料制备。
除此之外，磷酸肌酸二钠盐还可用于相关衍生物的合成研发。依托分子结构上的活性磷酸基团，开展磷酰化衍生物的实验合成，开发新型精细化学品。
磷酸肌酸二钠盐在实际选用时，要区分工业级与医药级产品。医药合成场景需要满足严苛的杂质、重金属指标，对原料纯度、水分控制有较高要求。
