磷酸肌酸二钠盐在体内的代谢过程主要包括其在体内迅速转化为磷酸肌酸，并在肌肉细胞中生成三磷酸腺，从而提供能量。具体来说，磷酸肌酸二钠盐在体内通过酶的作用转化为磷酸肌酸，这一过程非常迅速，通常在几分钟内即可完成。
磷酸肌酸二钠盐能够在肌肉细胞中通过肌酸激酶的催化作用，将其磷酸基转移到二磷酸腺分子中，从而恢复正常水平，主要通过口服或注射的方式进入体内，主要在肌肉细胞中发挥作用。
其代谢过程受个体差异、用药剂量和用药方式等因素的影响，不同个体对药物的反应可能有所不同，因此在使用过程中需要注意观察身体反应，及时调整用药方案。磷酸肌酸二钠盐在临床上有多种应用，包括在心脏手术时加入心脏停搏液中保护心肌，以及在缺血状态下的心肌代谢异常治疗中。
剂量为每次1g，每日1-2次，静脉滴注30-45分钟，此外，磷酸肌酸二钠盐还具有细胞保护作用，能够稳定细胞并具有抗氧化效果。
